El Papa y el rey de Portugal le envían a las misiones de Oriente (1540-1541)

La elección

La fama de los jesuitas traspasa las fronteras. El rey de Portugal, Juan III (1521-1557), pide misioneros jesuitas para la India, y el papa Paulo III ordena que vayan dos. Ignacio escoge a Rodríguez y a Bobadilla. Pero este último cae enfermo y, un día antes de partir, Ignacio lo sustituye por Javier: "Hacemos más fruto allí donde la obediencia nos coloca".

Una respuesta inmediata

Maestro Francisco está dispuesto a partir inmediatamente. El 14 de marzo de 1540 le comunican la noticia que cambiará su vida: "Ésta es vuestra empresa". La respuesta de Javier es: "Heme aquí".
Al día siguiente, sale camino de Lisboa; sólo lleva el breviario, algunos escritos y un poco de ropa. Con el embajador portugués atraviesa Italia, Francia y España, sin acercarse a Navarra con el fin de no distraerse en el cumplimiento de su misión.

En la corte de Lisboa

Javier y Simón Rodríguez logran con rapidez la amistad del rey Juan III, quien ve en ellos a dos sacerdotes excepcionales que se entregan a su misión en la corte y en la ciudad de Lisboa. Juan III desea que se queden en Portugal y funden casas de la Compañía. Pero ellos sólo esperan que llegue la primavera para partir con la flota de la India. Desde la Universidad de Coimbra, Martín de Azpilicueta (tío materno de Francisco, profesor de teología muy preciado, llamado el “Doctor Navarro”) intenta, también, retener a su sobrino Javier. Sin embargo, la decisión es salomónica: Rodríguez se queda en Portugal y Javier marcha a la India.