Discípulo de Ignacio de Loyola (1533-1537)

En 1521, Miguel y Juan, hermanos de Javier, se alzan en favor de Enrique II de Albret, hijo de los últimos reyes de Navarra, y ayudan a los ejércitos franceses que entran en Navarra. Participan en la defensa del castillo de Maya (julio de 1522) y de Fuenterrabía. En esta plaza se rinden y obtienen el perdón de Carlos V de España, que les devuelve privilegios, derechos y honores (febrero de 1524).

Estudios universitarios: Maestro en Artes (1530)

Francisco no será guerrero como sus hermanos; quiere seguir el camino de su padre y dedicarse a los estudios. En 1525, cuando contaba 19 años, decide ir a la Universidad de París. Ingresa en el colegio de Santa Bárbara y, después de un curso de Humanidades, estudia en la Facultad de Artes o Filosofía durante cuatro años. A principios de 1529 obtiene el título de Bachiller, y en marzo de 1530 supera el examen de licenciatura, obteniendo el título de Maestro en Artes.

Las ambiciones de un joven profesor

Maestro Francisco comienza a trabajar como profesor de filosofía en el colegio Dormans-Beauvais, a la vez que inicia los estudios del doctorado en Teología. En 1531, solicita de los tribunales navarros que reconozcan su condición de noble y le permitan usar los escudos familiares. Javier piensa estudiar una carrera universitaria y religiosa, y sueña con ocupar altos cargos.