Familia e infancia en el castillo de Javier (1506-1525)
El Castillo
Situado en un altozano rocoso, de origen medieval y edificado ante la amenaza de los moros, sirvió también para la defensa de las fronteras con el Reino de Aragón. El castillo era una síntesis de hogar, capilla y fortaleza a la vez, con sus caballerizas, torreones y almenas. Estaba rodeado por un foso y unos muros que guarnecían la defensa.
Desde la torre central de San Miguel se divisaba la abadía de Santa María y el cementerio.
En 1512, los castellanos conquistan el Reino de Navarra cuando Javier tenía seis años. En 1515 muere su padre. Sus hermanos se alzan en armas al año siguiente y, en castigo, las almenas y torres del castillo son demolidas por orden del cardenal Cisneros.
La familia
El padre, Juan de Jaso y Atondo: noble, culto, doctor en derecho, sirvió a los reyes de Navarra y perteneció al Consejo Real.
La madre, María de Azpilicueta y Aznárez: procedía del Baztán, heredera del Castillo de Javier y de la torre de Azpilicueta. murió mientras Javier estudiaba en Francia.
Los hermanos:
- Magdalena, dama de Isabel la Católica. Ingresó como religiosa en el convento de las Clarisas de Gandía. Murió en olor de santidad.
- Ana, casada con Diego de Ezpeleta, señor de Beire.
- Miguel de Javier, mayorazgo del castillo, casado con Isabel Goñi y Peralta, de quienes son sucesores los condes de Javier y duques de Villahermosa.
- Juan de Azpilicueta, se casó con Juana de Arbizu y en segundas nupcias con Lucía Aguirre.
Francisco nace el 7 de abril de 1506. Su tío, D. Miguel de Azpilicueta, abad de Javier, le bautizó en la cercana iglesia parroquial de Santa Maria.