Discípulo de Ignacio de Loyola (1533-1537)

En 1529 conoce a un nuevo compañero de habitación, Ignacio de Loyola, un viejo estudiante español que había sido herido en Pamplona en 1521 combatiendo contra el partido del los hermanos de Francisco, y que trata de ganar a Javier para la congregación de clérigos que quiere fundar. Ante las ambiciones de Javier, Ignacio plantea la gran cuestión: "¿De que le sirve al hombre ganar todo e! mundo si pierde su alma?" (Mt. 16, 26). Francisco se convierte, decide abandonar sus ambiciones y dedicar su vida a Dios (1533).

Los votos de Montmartre (1534)

Ignacio forma un grupo de discípulos universitarios: el francés Pedro Fabro, Javier, el portugués Simón Rodríguez, y los castellanos Diego Laínez, Nicolás Salmerón y Nicolás Bobadilla. El15 de agosto de 1534, en la capilla de Montmartre, todos hacen votos de vivir en pobreza, castidad, peregrinar a Tierra Santa y, si vuelven de allí, obedecer al Papa en cualquier misión. Al mes siguiente, Javier comienza los Ejercicios Espirituales.

Renuncia a sus ambiciones y viaja a Italia

Maestro Francisco recibe la sentencia de nobleza y le ofrecen un nombramiento como canónigo de la Catedral de Pamplona, pero renuncia a sus antiguas ambiciones por las que ya no siente atracción alguna. En noviembre de 1536, Javier y sus compañeros abandonan París con la idea de llegar a Venecia y embarcarse para realizar la peregrinación a Tierra Santa. Atraviesan a pie Francia, Alemania, Suiza y el Tirol en medio de los rigores del invierno, y llegan a Venecia en enero de 1537.

Un sacerdote celoso

Mientras esperan el inicio del viaje, se reparten por los hospitales; Francisco acude al Hospital de Incurables. En junio se ordena sacerdote en Venecia y, más tarde, se traslada a Bolonia (donde estudió derecho su padre), en donde vive predicando, confesando, enseñando la doctrina, trabajando en los hospitales ... , entregándose sin descanso a su misión como sacerdote.