Javier en el Japón: Kagoshima, Yamaguchi, Kyoto (1549-1551)
El 15 de abril de 1549 Javier salió de Goa en un barco portugués con el objetivo de llegar a Japón. Le acompañaban el hermano Juan Fernández, el padre Cosme de Torres, Anjiro y sus dos criados, el chino Manuel y Amador el malabar. En Malaca tuvo que recurrir a un junco de un pirata chino para proseguir el viaje. Rodeando las costas de Indochina y China, en medio de tormentas y tifones, huyendo de otros piratas, llegaron a Kagoshima el 15 de agosto de 1549.
Los inicios en Kagoshima
Después de obtener el permiso del daimyo de Satsuma, permanecieron un año en la región de Kagoshima. Afrontaban una situación diferente. Se trataba de un pueblo intelectual y moralmente superior a los que antes había conocido Javier: "Son los japoneses más sujetos a la razón de lo que nunca jamás vi en gente infiel; tan deseosos de saber que nunca acaban de preguntar y de hablar a los otros las cosas que respondíamos a sus preguntas".
De la predicación pública al diálogo personal
Comenzó a predicar en la calle, pero más tarde, prefirió el trato personal en los domicilios mediante conversaciones y disputas, en las que aprendía a apreciar la profundidad del alma japonesa.
Algún milagro o gesto heroico le abren las puertas, pero las conversiones son fruto de la argumentación y la discusión, y se producen por convicción: "Al fin de la explicación siempre había disputas que duraban mucho. Continuamente estábamos ocupados en responder a las preguntas ... perseveraban muchos días en estas preguntas y disputas; y después de pasados muchos días, se comenzaron a hacer cristianos, y los primeros que se hicieron fueron aquéllos que se nos habían mostrado más enemigos, así en explicaciones como en disputas".
Viaje hasta Kyoto
Después de un año de predicación, decidió obtener el permiso del emperador para predicar por todo el país. A través de Hirado, Yamaguchi y Sakay, en medio del invierno y sorteando peligros, llegó a Miyako (actual Kyoto), donde residían el emperador y el shogun. La desilusión fue grande: la ciudad estaba arruinada por la guerra y no consiguió que le recibieran.
El fruto de Yamaguchi: una comunidad cristiana fervorosa
Volvió a Yamaguchi y logró el permiso del daimyo local para predicar. En nueve meses (enero-septiembre 1551) se convirtieron medio millar de cristianos y formó una comunidad fervorosa. Permaneció tres meses en las tierras del señor de Bungo, desde donde volvió a Goa en una nave portuguesa (noviembre 1551-enero 1552).