Misionero en la India (1542-1545)
Goa, inicio y centro de su predicación
Maestro Francisco dedicó los primeros meses de su estancia en la India a la ciudad de Goa, capital de los dominios portugueses de Oriente, donde residían el virrey y el obispo. Javier atendió a los enfermos de los hospitales, practicó la catequesis pública con canciones y recitaciones, concluyó las obras del colegio de Santa Fe ...
Con
los Paravas de la Pesquería
En octubre de 1542 extendió su predicación hacia las costas del sur de la India, la tierra de la Pesquería, habitada por los Paravas que recogían perlas. La evangelización de estas personas era superficial y respondieron ampliamente a la predicación de Javier: "Es tanta la multitud de los que se convierten a la fe de Cristo en esta tierra por donde ando, que muchas veces me acaece tener cansados los brazos de bautizar ... ".
Con varios siglos de adelanto, dio protagonismo a los laicos en la Iglesia: en cada poblado formó catequistas, los "canacapolas", encargados de enseñar la fe, bautizar a los niños, cuidar de la iglesia, etc. Compuso un catecismo, que estuvo en vigor dos siglos. Su amor y su entrega hicieron que los Paravas le consideraran un padre.
Las costas del sur de la India y Ceilán
En Travancor bautizó en un mes a 10.000 Makuas. En enero de 1545 llegó a Ceilán, donde permaneció cinco meses. En viajes rápidos recorrió toda la costa occidental de la India y parte de la oriental, hasta Santo Tomé, donde se hallaba la tumba del apóstol Santo Tomás.