Por las islas Molucas y el Sudeste Asiático (1545-1549)
Javier aprovecha las posesiones y los viajes de los portugueses para expandir su predicación. El siguiente paso será el Sudeste de Asia, al que dedicará cuatro años de idas y venidas, alternando con estancias en Goa. Era la Tierra de las Especias.
De Malaca a Amboino y Cerán
La base de sus expediciones fue la ciudad de Malaca, en el temible estrecho de su nombre, llave de las comunicaciones entre el Océano Índico y el archipiélago malayo. Aunque consiguió muchas conversiones, no pudo encauzar la mala vida de numerosos portugueses.
En febrero de 1546 llegó a la isla de Amboino. En un viaje a la vecina isla de Cerán, tierra de cazadores de cabezas humanas, perdió el crucifijo durante una tormenta marítima. Al desembarcar, un cangrejo salió del mar y se lo devolvió.
En
las Islas de las Especias: Ternate y la Isla del Moro
Las informaciones de una flota española le hacen dirigirse hacia el norte, en busca de las Islas de las Especias, tierra donde se estaba expandiendo la religión musulmana desde el siglo XV. Pasó casi un año (junio 1546 - abril 1547) en Ternate y la Isla del Moro. Los frutos obtenidos en la primera se alternan con los peligros pasados para recorrer las casi treinta aldeas cristianas de la segunda, rodeadas tanto por musulmanes como por paganos cazadores de cabezas humanas.
"Si estas islas tuvieran maderas odoríferas y minas de oro, los cristianos tendrían el coraje de acudir y todos los peligros del mundo no les espantarían. Ellos son cobardes y apocados, porque allí no hay más que almas que ganar. Es necesario que la caridad sea más atrevida que la avaricia".
Un hombre de extrañas tierras: el japonés Anjiro
Entre junio y diciembre de 1547 residió en Malaca, repitiendo las actividades apostólicas por toda la ciudad. Allí conoció a un japonés, Yahiro o Anjiro, un samurai que había cometido ciertos crímenes y se había visto obligado a abandonar su país en una nave portuguesa. Anjiro abrió un nuevo mundo a las expectativas de Javier.
Volvió a Goa, donde Anjiro y dos criados suyos estudiaron portugués y se prepararon para servir de intérpretes. Vivió un año a caballo entre la capital y sus visitas a la Pesquería y Cochín, intentando consolidar los esfuerzos de evangelización realizados años atrás.